北京农学院工会是在学校党委和北京市教育工会领导下，教职工自愿结合的群众组织，是学校联系广大教职工的桥梁和纽带，是教职工合法权益的代表者和维护者。工会下设14个分工会，现有会员千余人。
校工会秉承“全心全意服务教职工”的宗旨，紧紧围绕立德树人根本任务和强农兴农办学使命，认真履行职能，着力打造“教职工信赖的职工之家”。在具体工作中，持续深化民主管理，落实教代会各项职权，规范校务公开，畅通建言献策渠道；弘扬教育家精神，加强师德师风建设，搭建发展平台，助推教职工职业成长；健全维权服务体系，做实普惠服务与精准帮扶，丰富送温暖内涵；积极开展文体活动，营造积极向上的校园文化；着力加强自身建设，不断提升引领力、组织力、服务力，团结动员广大教职工为建设都市农林特色高水平应用型大学凝聚奋进力量。